Shion no Ō raconte l'histoire d'une jeune collégienne appelée Shion Ishiwatari, qui a assisté au meurtre de ses parents étant enfant.

Au moment du meurtre, l'assassin vole le roi du jeu de shogi (jeu similaire aux échecs) de son père, ce qui lui fait croire que l'assassin est peut être un fan de ce jeu.
L'incident de cette nuit là fait que Shion ne peut plus parler, elle communique en écrivant sur une ardoise.

Après avoir été adoptée par ses voisins, la famille Yasuoka (elle prendra alors le nom de Shion Yasuoka), dont le mari est aussi un joueur de shogi, Shion apprend à jouer à ce jeu toute seule pour deux raisons : l'amour du jeu et la possibilité de trouver l'assassin de ses parents...